选题工作是毕业设计论文各个环节的首要工作，选题质量是影响毕业设计质量的重要因素，选好设计题目是顺利完成毕业设计工作的前提。本校的生物医学工程专业方向是医学信息工程和医学仪器，要求学生具备医学和工程两方面的知识背景，并注重培养学生的工程技术能力。
当毕业论文选题的时候，鼓励毕业设计选题采用“双向选择”的原则。
第一，就指导教师而言，对工科院校的指导教师而言，在资料充足的情况下，对其可行性进行分析，一是要保证选题与学生所学知识有密切关系，同时要考虑到实验条件，最好是教师先做一些探索性实验，原则上可行，而且实验也要具备，作为学生的毕业设计题目，要有针对性，要有针对性，要有针对性，要有针对性。
第二，对于这个专业的学生来说，在大四学期有到医院、医疗机构、医疗设备公司实习的经历，使学生对许多常见医疗设备有了切实可行的认识，对临床医师的诊断、医疗仪器的制作、装配、维修、保养过程有了一定的了解，对该行业在市场和社会上的需求及应用领域有了更深入的了解；因此，学生可以根据自己的背景、兴趣、未来工作方向，甚至社会需求情况，到市场、社会上找题目。
另外，学生还可申请将学生课外研究计划、攀登百步梯计划、“挑战杯”大学生课外科技作品竞赛、大学生科研项目等作为毕业设计课题，并报学校审批。
透过上述灵活的选题方式，学生和导师在互相了解后，如果不适合，可在1周内提出申请，重新选择题目，充分尊重学生的兴趣、爱好、特长，同时也反映出生物医学领域发展的最新情况。灵活运用所掌握的理论知识，充分发挥学生的主观能动性，激发学生在相关应用领域的创造性，提高学生综合分析、解决问题的能力。此外，好的课题能帮助学生获得有价值的研究成果，更能提高学生的自信心和自我价值认同，对学生今后的工作和生活都有很大的帮助，也能满足社会对高科技研究型人才的需求，对我国生物医学工程产业的发展将起到巨大的促进作用。
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